從豐臣秀吉的禁教令到明治6年解禁為止，跨越了多個朝代的這300年來，天主教始終都鹿兒島這個最初的應許之地仍然佔有相當程度的地位。人們為了紀念最早踏上這塊土地的天主教士沙勿略，便於1908年在鹿兒島的市中心附近完成了日本史上第一座傳統的石造教堂。但這座教堂卻在1945年的二戰空襲中炸毀，直至1949年，才在原本石造教堂的遺構上建立起第二代巴西利卡式的木造聖堂。

第二代的聖堂正立面，是一個高聳的山形立面，而這樣的立面形象，也已經深深植入了當地居民的記憶中。坂倉為了要讓第三代聖堂繼承這樣的城市記憶，所以也讓正立面維持原本的山形，用側面來呈現它對於這座聖堂的設計理念。

坂倉認為，這座聖堂是為了讚頌乘船到來的聖方濟而建，故以船為發想概念，將屋頂設計成船的造型，也希望這座聖堂是能將這樣的信仰以及精神傳承下去的方舟。

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而這座方舟，入口處是一片沒有管制的廣場，形成一個開放性的都市空間。也表現了聖方濟所屬的耶穌會當時擁抱大眾、積極對外開放的性格。聖堂的正立面，藉由前廳屋頂正面的收邊板創造出了一條水平線，水平線以上以鋼骨鐘塔為軸兩向對稱，水平線以下則是約略以1:2的比例分成了對稱軸左側的實質量體(小聖堂)以及右側的虛空間(二樓前廳及樓梯)。